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在基因組學(xué)與單細(xì)胞技術(shù)飛速發(fā)展的當(dāng)下,長片段基因組的精準(zhǔn)剪切與片段化處理已成為制約測序數(shù)據(jù)完整性與分析精度的關(guān)鍵瓶頸。傳統(tǒng)機(jī)械剪切、酶切或超聲破碎技術(shù)因熱效應(yīng)、機(jī)械損傷、剪切不均一性等問題,導(dǎo)致DNA片段長度分布離散、末端損傷嚴(yán)重,影響單細(xì)胞測序的文庫構(gòu)建質(zhì)量與數(shù)據(jù)可靠性。近日,上海凈信推出的高通量超聲波基因組剪切儀,憑借其非接觸式聲波聚焦技術(shù)與多維參數(shù)調(diào)控系統(tǒng),成功破解了長片段基因組剪切難題,為單細(xì)胞測序、全基因組測序及復(fù)雜樣本研究提供了革命性解決方案。
高通量聲波基因組剪切儀的核心創(chuàng)新在于其磁致伸縮共振超聲技術(shù)與智能調(diào)控系統(tǒng),主要是通過非接觸式聲波聚焦技術(shù)、等溫處理環(huán)境、多維參數(shù)調(diào)控系統(tǒng)和其動態(tài)反饋系統(tǒng)等技術(shù)特點(diǎn)實(shí)現(xiàn)長片段基因組的精準(zhǔn)剪切,實(shí)現(xiàn)了剪切技術(shù)的突破,多維參數(shù)精準(zhǔn)調(diào)控,實(shí)現(xiàn)了無損、均一、高效的剪切。
高通量聲波基因組剪切儀的技術(shù)特點(diǎn):
1. 非接觸式聲波聚焦技術(shù):實(shí)驗(yàn)設(shè)備的超聲波通過液體介質(zhì)傳遞,可形成高能量密度的剪切場,避免了探頭磨損、交叉污染及感染性飛霧風(fēng)險(xiǎn)。在聲波的作用下,樣本溶液中產(chǎn)生微小氣泡,氣泡瞬間坍縮時釋放的沖擊波與微射流對DNA分子施加剪切力,實(shí)現(xiàn)片段化。該過程無機(jī)械摩擦,減少DNA末端損傷,保護(hù)生物標(biāo)志物完整性。
2. 等溫處理環(huán)境:聲波基因組剪切儀內(nèi)置高精度半導(dǎo)體制冷模塊,配合循環(huán)水浴設(shè)計(jì),可確保樣本在剪切過程中始終處于4℃低溫環(huán)境。實(shí)驗(yàn)表明,低溫處理可抑制DNA變性、酶活性降低及RNA降解,保護(hù)樣本活性,尤其適用于cfDNA、ctDNA等微量樣本。
3. 多維參數(shù)調(diào)控系統(tǒng):實(shí)驗(yàn)設(shè)備具有功率梯度調(diào)節(jié)、時間精準(zhǔn)控制和脈沖模式可選,可靈活適配不同樣本類型。實(shí)驗(yàn)用戶可根據(jù)樣本濃度、粘度及目標(biāo)片段長度,在范圍內(nèi)調(diào)節(jié)超聲功率和儀器運(yùn)行時間,可滿足不同實(shí)驗(yàn)需求。實(shí)驗(yàn)設(shè)備提供連續(xù)波與脈沖波兩種模式,在脈沖模式下,用戶可設(shè)置占空比與脈沖頻率,能夠進(jìn)一步減少熱積累與機(jī)械損傷。
4. 動態(tài)反饋系統(tǒng):聲波基因組剪切儀內(nèi)置壓電傳感器實(shí)時監(jiān)測聲波能量輸出,確保功率穩(wěn)定性;同時,還可選配熒光檢測模塊,通過與樣本中的熒光染料結(jié)合,實(shí)時監(jiān)測DNA片段長度分布,實(shí)時優(yōu)化剪切效果。
高通量超聲波基因組剪切儀的實(shí)驗(yàn)應(yīng)用場景:
1. 單細(xì)胞測序:聲波基因組剪切儀的實(shí)驗(yàn)可有效提升數(shù)據(jù)完整性與細(xì)胞捕獲率。在微量樣本的高效處理中,它可同時處理多個組織樣本,且適配微流控芯片與單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)。根據(jù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)顯示,剪切后DNA片段長度CV值<5%,那個有效提高文庫構(gòu)建效率與測序讀長一致性。
2. 全基因組測序:實(shí)驗(yàn)設(shè)備能夠有效優(yōu)化長片段組裝與注釋。通過調(diào)節(jié)功率與時間,可實(shí)現(xiàn)100bp-5kb范圍內(nèi)的片段化,滿足實(shí)驗(yàn)的長讀長測序需求;針對高GC含量、重復(fù)序列多的基因組,可通過脈沖模式與低功率處理,減少剪切偏好性,提升組裝完整性。
3. 臨床伴隨診斷:聲波基因組剪切儀的應(yīng)用能夠提高cfDNA檢測靈敏度。非接觸式處理與等溫環(huán)境減少cfDNA損失,確保稀有突變(如ctDNA)的檢出,使其突變檢出率得到提高,同時還可保障結(jié)果的一致性。
此外,在聲波基因組剪切儀處理高濃度基因組DNA時,可提高功率至80%以快速剪切;在處理低濃度cfDNA時,則降低功率至30%以減少損耗。在單細(xì)胞測序中需要將DNA剪切至150-300bp,可通過短時間高功率處理實(shí)現(xiàn)。
綜上,上海凈信高通量聲波基因組剪切儀,憑借其非接觸式聲波聚焦、等溫處理、多維參數(shù)調(diào)控及動態(tài)反饋等技術(shù)優(yōu)勢,有效實(shí)現(xiàn)了長片段基因組的無損、均一且高效剪切。該設(shè)備可適配單細(xì)胞測序、全基因組測序及臨床檢測等多場景,可提升數(shù)據(jù)質(zhì)量與實(shí)驗(yàn)效率,降低樣本損耗與成本。